На факультете функционируют 13 кафедр: акушерства и гинекологии; анестезиологии и реаниматологии; офтальмологии, детской оториноларингологии; детской хирургии, анестезиологии и реаниматологии; нейрохирургии, ортопедической стоматологии и имплантологии; ортопедической стоматологии и ортодонтии; оториноларингологии им. проф. А.Н. Зимина, терапевтической стоматологии, травматологии и ортопедии с курсом имплантатов с памятью формы; хирургической стоматологии и челюстно-лицевой хирургии; хирургии, урологии, эндоскопии и оперативной хирургии. 11 из 13 кафедр возглавляют профессора. Каждый третий преподаватель – доктор медицинских наук.

Ежегодно на факультете обучаются 2-3 тысячи врачей из разных регионов России. Факультет известен научными и практическими достижениями в разных областях медицины. Например, кафедра нейрохирургии является национальным лидером по проблеме заболеваний и повреждений позвоночника и спинного мозга, хирургического лечения родовой травмы нервной системы новорожденных, ишемической болезни мозга и краниовертебральной патологии. В нейрохирургическую клинику едут лечиться больные из разных районов страны и из-за рубежа. Кафедра глазных болезней, последовательно возглавляемая крупными учеными О.И. Шершевской, Г.Л. Старковым и В.И. Савиных, заложила основы сибирской школы офтальмологов, представители которой руководят офтальмологическими центрами многих регионов страны. Сотрудники этой кафедры были пионерами ферментотерапии глазных болезней, исследованиями в области краевой патологии, представляющей большой интерес для здравоохранения региона. Пионерами внедрения в практику эндопротезов из сплавов с эффектом памяти формы были коллективы кафедр хирургической стоматологии (проф. В.К. Поленичкин), травматологии (проф. В.В. Котенко) и других кафедр. Впервые в мире разработаны внутрикостные эндоимплантаты, позволяющие надежно вживлять зубные протезы, быстро и эффективно сращивать переломы костей. Коллектив кафедры детских ЛОР-болезней (проф. К.З.Борисова) разработал уникальные методы тимпанопластики, позволяющие вернуть слух ранее неизлечимым больным. Сотрудники кафедры анестезиологии и реаниматологии (проф. Ю.А.Чурляев) впервые установили особенности проницаемости гематоэнцефалического барьера при тяжелой черепно-мозговой травме. Больших научных достижений добились и другие кафедры факультета.

Преподаватели кафедр хирургического факультета ежегодно получают до 15-20 патентов на изобретения, публикуют до 500 научных работ.Сотрудники факультета проводят большую лечебно-консультативную работу в клинических лечебно-профилактических учреждениях, многие из них являются директорами профильных клиник.